Управление лицеем осуществляется в соответствии с законодательством на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом лицея является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью образовательным учреждением. Директор несет ответственность за руководство образовательной, научной, воспитательной работой и организационно-хозяйственной деятельностью образовательного учреждения. В лицее наряду с должностями педагогических работников и научных работников предусматриваются должности административно-хозяйственных, производственных, учебно-вспомогательных и иных работников, осуществляющих вспомогательные функции.
Права, обязанности и ответственность работников лицея устанавливаются законодательством, Уставом, правилами внутреннего трудового распорядка и иными локальными нормативными актами лицея, должностными инструкциями и трудовыми договорами.
В лицее формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся общее собрание работников лицея, педагогический совет, управляющий совет, а также могут формироваться и другие коллегиальные органы управления, предусмотренные законодательством. Структура, порядок формирования, срок полномочий и компетенция органов управления образовательного учреждения, порядок принятия ими решений и выступления от имени лицея устанавливаются соответствующим положением в соответствии с законодательством.
